共同體商標權覆蓋了國內商標權有效的地域范圍，兩者在重疊領域出現(xiàn)的沖突問題，需要通過法律的選擇適用來解決。原則上，對于商標糾紛，只能適用“權利登記地法”，①也即適用其產生所依據(jù)的法律。而涉及商標權的訴訟管轄，則和其他民事侵權訴訟一樣，依民事訴訟規(guī)則向有管轄權的法院起訴，②即以“原告就被告”原則為準，或依當事人的意思，輔之以最密切聯(lián)系原則確定，由與商標權有關的行為地法院管轄，如侵權行為地、原告所在地等。故對國內商標權適用國內法維持其效力，與其有關的侵權訴訟則只能在其注冊國進行，也僅能保護該商標在此成員國領土范圍內的使用。共同體商標權適用共同體法維持其效力，與其有關的侵權訴訟可以在歐盟的任何侵權行為地提出，其判決在整個歐盟范圍內有效。

根據(jù)《商標條例》的規(guī)定，在歐盟范圍內，由各成員國在其領土內指定若干個初審法院和上訴法院作為“共同體法院”，履行《商標條例》賦予的職能。協(xié)調局對侵權訴訟并沒有司法處理權。有關共同體商標和申請共同體商標的訴訟程序，以及對共同體商標和國內商標同時或相繼進行的訴訟，如無特別規(guī)定，應適用《民事和商事判決的管轄和執(zhí)行公約》。

具體而言，共同體商標法院對下列訴訟享有專屬管轄權：侵權訴訟；商標申請公告后商標權授予前對他人的非法使用提起的訴訟；對撤銷共同體商標或宣布其無效提起的反訴等。管轄法院則可依當事人的意思，選用下面的約定：被告所在地；原告所在地；協(xié)調局所在地等。除此之外，訴訟雙方當事人可以同意一個非上述管轄地的成員國法院有管轄權，或者，盡管一個共同體商標法院沒有上述管轄權，但被告出庭應訴的，該法院即有管轄權。而訴訟程序，包括一審和二審程序，則依該法院所在國的國內商標同類訴訟的規(guī)則。若對同一侵權訴訟向不同成員國的法院起訴，一個根據(jù)共同體商標受理，一個根據(jù)國內商標受理，則適用“先受理原則”，即由最先受理的法院管轄，不是首先受理的法院應自行放棄有利于該法院的管轄權。對此有爭議的，通常被要求放棄管轄權的法院中止其訴訟程序。當事人不服共同體商標一審法院對商標侵權案所作的判決，有權向共同體商標二審法院上訴，其條件由該法院所在國的國內法確定，上訴的國內規(guī)則也應適用于共同體商標二審法院做出的判決。

共同體商標法院在審理商標侵權案時，應適用歐盟法的規(guī)定。對歐盟法未包括的事宜，共同體商標法院應適用其國內法，包括國際私法。主要在下列情況下適用國內法：國內商標權人依其所在國法律，起訴侵犯其在先權(包括優(yōu)先注冊權、名稱權、肖像權、版權、工業(yè)產權等)的共同體商標權人，要求其給予賠償；如果國內商標權人根據(jù)其所在國的民事、行政或刑事法律，或者根據(jù)共同體法律的規(guī)定，可以禁止使用某共同體商標，則其所在國法律的適用應不受影響；僅適用于特殊地點的在先權利所有人，可以根據(jù)其所在國的法律，反對共同體商標在其領域內使用等。

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